IGBMC : Institut de la Génétique et de la Biologie Moléculaire et Cellulaire

• Chercheurs

  Robert DRILLIEN

  Valérie LAMOUR

  Marc RUFF

• Post-Doctorants

  Eduardo BRUCH

• Doctorants

  Christophe LOTZ

  Arnaud VANDEN BROECK

• Ingénieurs & Techniciens

  Julien BATISSE

  Sylvia EILER

• Collaborateur Occasionnel

  Nicolas LEVY

• Stagiaire

  Allan BERTRAND

Biologie structurale intégrative

Stabilité de la chromatine et mobilité de l'ADN

Complexes Macromoléculaires Cellulaires des Intégrases Rétrovirales et des ADN Topoisomérases

Notre groupe de recherche se concentre sur les mécanismes moléculaires qui régissent le transport des acides nucléiques, le traitement et les changements topologiques de l'ADN de la chromatine. Nos cibles actuelles sont des complexes nucléoprotéiques impliqués dans l'intégration de l'ADN rétroviral et des ADN topoisomérases eucaryotes. Nous intégrons des données structurales de haute (cristallographie aux rayons X), moyenne (CryoEM) et basse résolution (imagerie cellulaire) avec des données fonctionnelles in vitro et in cellulo.
L'objectif principal de Marc Ruff est de comprendre les processus moléculaires effectués par les complexes de pré-intégration (CPI) du VIH. Son but est de fournir une vue en quatre dimensions des CPI, depuis la transcription inverse jusqu'à l'intégration du virus. Un deuxième volet du projet se concentre sur le développement thérapeutique en cherchant à optimiser l'interaction protéine-protéine et les inhibiteurs de conformation.
Le projet de Valérie Lamour repose sur les études fonctionnelles et structurales des complexes cellulaires ADN topoisomérases ciblés par des composés thérapeutiques utilisés dans les traitements anti-cancéreux et anti-bactériens. L'objectif principal de ces recherches est d'identifier et d'étudier la relation structure/fonction des complexes associés aux topoisomérases et ciblés par des médicaments grâce à une combinaison d'approches protéomiques et structurales.

• Projets en cours

  • Maturation du complexe de pré-intégration du HIV dans le cytoplasme
  • Transfert nucléaire du complexe de pré-intégration du HIV                                                                                                                            
  • Complexe de pré-intégration du HIV ciblant la chromatine et interactions avec les nucléosomes
  • Mécanismes moléculaires de l’intégration du HIV dans le génome
  • Complexes de l’ADN gyrase bactérienne  
  • Identification et études structurales des complexes ADN topoisomérases humains de type 2

• Collaborations

  • Sarah Cianferani (Bio-organic Mass Spectrometry Laboratory, UDS, Cronembourg)
  • Stéphane Emiliani (Infection Diseases Department, Cochin Institute, Paris)
  • Yves Mely (Laboratory of Biophotonics and Pharmacology, UDS, Illkirch)
  • François Moreau and Richard Benarous (Mutabilis company)
  • Vincent Parissi (Fundamental Microbiology and Pathogenicity, University of Bordeaux 2)
  • Pr. Yves Pommier  (NIH Bethesda, USA)
  • Noëlle Potier (Laboratoire de spectrométrie de masse, Institut de Chimie de Strasbourg)
  • Alain Wagner (Laboratoire des systèmes chemo-fonctionnels, Faculté de Pharmacie de Strasbourg ) 

• Prix/Distinctions

• Actualites

  • 29 mars 2016 - La production de protéines instables à travers la formation de complexes stables

• Publications

  • Unstable Protein Purification Through the Formation of Stable Complexes.

    Eiler S(1), Levy N(1), Maillot B(1), Batisse J(1), Aubreton KP(1), Oladosu O(1), Ruff M(2).

    Methods Mol Biol 2018 ; 1764:315-328 .

  • Structure-function analyses unravel distinct effects of allosteric inhibitors of HIV-1 integrase on viral maturation and integration.

    Bonnard D(1), Le Rouzic E(2), Eiler S(3), Amadori C(2), Orlov I(3), Bruneau JM(2), Brias J(2), Barbion J(2), Chevreuil F(2), Spehner D(3), Chasset S(2), Ledoussal B(2), Moreau F(2), Saib A(4), Klaholz BP(3), Emiliani S(5), Ruff M(3), Zamborlini A(4), Benarous R(2).

    J Biol Chem 5 mars 2018 .

  • Structural features of the salivary gland hypertrophy virus of the tsetse fly revealed by cryo-electron microscopy and tomography.

    Orlov I(1), Drillien R(2), Spehner D(3), Bergoin M(4), Abd-Alla AMM(5), Klaholz BP(6).

    Virology 15 janvier 2018 ; 514:165-169 .

  • Modulation of the functional association between the HIV-1 intasome and the nucleosome by histone amino-terminal tails.

    Benleulmi MS(1)(2), Matysiak J(1)(2), Robert X(3), Miskey C(4), Mauro E(1)(2), Lapaillerie D(1)(2)(5), Lesbats P(1)(2), Chaignepain S(6), Henriquez DR(7), Calmels C(1)(2)(5), Oladosu O(8), Thierry E(9), Leon O(7), Lavigne M(10)(11)(5), Andreola ML(1)(2)(5), Delelis O(9)(5), Ivics Z(4), Ruff M(8)(5), Gouet P(3)(5), Parissi V(12)(13)(14).

    Retrovirology 28 novembre 2017 ; 14:54 .

  • The HIV-1 integrase-LEDGF allosteric inhibitor MUT-A: resistance profile, impairment of virus maturation and infectivity but without influence on RNA packaging or virus immunoreactivity.

    Amadori C(1)(2)(3)(4), van der Velden YU(5), Bonnard D(1), Orlov I(6), van Bel N(5), Le Rouzic E(1), Miralles L(7), Brias J(1), Chevreuil F(1), Spehner D(6), Chasset S(1), Ledoussal B(1), Mayr L(8), Moreau F(1), Garcia F(7), Gatell J(7), Zamborlini A(9), Emiliani S(2)(3)(4), Ruff M(6), Klaholz BP(6), Moog C(8), Berkhout B(10), Plana M(11), Benarous R(12)(13).

    Retrovirology 9 novembre 2017 ; 14:50 .

  • Modulation of chromatin structure by the FACT histone chaperone complex regulates HIV-1 integration.

    Matysiak J(1)(2), Lesbats P(1)(2), Mauro E(1)(2), Lapaillerie D(1)(2)(3), Dupuy JW(4), Lopez AP(5), Benleulmi MS(1)(2)(3), Calmels C(1)(2)(3), Andreola ML(1)(2)(3), Ruff M(6), Llano M(5), Delelis O(7)(3), Lavigne M(8)(9)(3), Parissi V(10)(11)(12).

    Retrovirology 28 juillet 2017 ; 14:39 .

  • A User-Friendly DNA Modeling Software for the Interpretation of Cryo-Electron Microscopy Data.

    Lariviere D(1), Galindo-Murillo R(2), Fourmentin E(3), Hornus S(4), Levy B(4), Papillon J(5), Menetret JF(5), Lamour V(6)(7).

    Methods Mol Biol 2017 ; 1624:193-210 .

  • A no-stop mutation in MAGEB4 is a possible cause of rare X-linked azoospermia and oligozoospermia in a consanguineous Turkish family.

    Okutman O(1)(2)(3), Muller J(4)(5), Skory V(1), Garnier JM(6), Gaucherot A(7), Baert Y(8), Lamour V(9), Serdarogullari M(10), Gultomruk M(10), Ropke A(11), Kliesch S(12), Herbepin V(13), Aknin I(14), Benkhalifa M(15), Teletin M(1), Bakircioglu E(16), Goossens E(8), Charlet-Berguerand N(7), Bahceci M(10), Tuttelmann F(11), Viville S(17)(18)(19)(20).

    J Assist Reprod Genet May 2017 ; 34:683-694 .

  • Altered enhancer transcription underlies Huntington's disease striatal transcriptional signature.

    Le Gras S(1), Keime C(1), Anthony A(2,)(3), Lotz C(2,)(3), De Longprez L(4,)(5), Brouillet E(4,)(5), Cassel JC(2,)(3), Boutillier AL(2,)(3), Merienne K(2,)(3).

    Sci Rep 22 février 2017 ; 7:42875 .

  • Dynamics of Methylated Cytosine Flipping by UHRF1.

    Kilin V(1), Gavvala K(1), Barthes NP(2), Michel BY(2), Shin D(3), Boudier C(1), Mauffret O(4), Yashchuk V(5), Mousli M(1), Ruff M(6), Granger F(6), Eiler S(6), Bronner C(6), Tor Y(7), Burger A(2), Mely Y(1).

    J Am Chem Soc 15 février 2017 ; 139:2520-2528 .

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