Biologie structurale intégrative
Stabilité de la chromatine et mobilité de l'ADN
Complexes Macromoléculaires Cellulaires des Intégrases Rétrovirales et des ADN Topoisomérases
Notre groupe de recherche se concentre sur les mécanismes moléculaires qui régissent le transport des acides nucléiques, le traitement et les changements topologiques de l'ADN de la chromatine. Nos cibles actuelles sont des complexes nucléoprotéiques impliqués dans l'intégration de l'ADN rétroviral et des ADN topoisomérases eucaryotes. Nous intégrons des données structurales de haute (cristallographie aux rayons X), moyenne (CryoEM) et basse résolution (imagerie cellulaire) avec des données fonctionnelles in vitro et in cellulo.
L'objectif principal de Marc Ruff est de comprendre les processus moléculaires effectués par les complexes de pré-intégration (CPI) du VIH. Son but est de fournir une vue en quatre dimensions des CPI, depuis la transcription inverse jusqu'à l'intégration du virus. Un deuxième volet du projet se concentre sur le développement thérapeutique en cherchant à optimiser l'interaction protéine-protéine et les inhibiteurs de conformation.
Le projet de Valérie Lamour repose sur les études fonctionnelles et structurales des complexes cellulaires ADN topoisomérases ciblés par des composés thérapeutiques utilisés dans les traitements anti-cancéreux et anti-bactériens. L'objectif principal de ces recherches est d'identifier et d'étudier la relation structure/fonction des complexes associés aux topoisomérases et ciblés par des médicaments grâce à une combinaison d'approches protéomiques et structurales.
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Projets en cours
• Maturation du complexe de pré-intégration du HIV dans le cytoplasme
• Transfert nucléaire du complexe de pré-intégration du HIV
• Complexe de pré-intégration du HIV ciblant la chromatine et interactions avec les nucléosomes
• Mécanismes moléculaires de l’intégration du HIV dans le génome
• Complexes de l’ADN gyrase bactérienne
• Identification et études structurales des complexes ADN topoisomérases humains de type 2 -
Collaborations
• Sarah Cianferani (Bio-organic Mass Spectrometry Laboratory, UDS, Cronembourg)
• Stéphane Emiliani (Infection Diseases Department, Cochin Institute, Paris)
• Yves Mely (Laboratory of Biophotonics and Pharmacology, UDS, Illkirch)
• François Moreau and Richard Benarous (Mutabilis company)
• Vincent Parissi (Fundamental Microbiology and Pathogenicity, University of Bordeaux 2)
• Pr. Yves Pommier (NIH Bethesda, USA)
• Noëlle Potier (Laboratoire de spectrométrie de masse, Institut de Chimie de Strasbourg)
• Alain Wagner (Laboratoire des systèmes chemo-fonctionnels, Faculté de Pharmacie de Strasbourg ) -
Prix/Distinctions
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Actualites
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Publications
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Unstable Protein Purification Through the Formation of Stable Complexes.
Methods Mol Biol 2018 ; 1764:315-328 .
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J Biol Chem 5 mars 2018 .
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Virology 15 janvier 2018 ; 514:165-169 .
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Retrovirology 28 novembre 2017 ; 14:54 .
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Retrovirology 9 novembre 2017 ; 14:50 .
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Modulation of chromatin structure by the FACT histone chaperone complex regulates HIV-1 integration.
Retrovirology 28 juillet 2017 ; 14:39 .
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A User-Friendly DNA Modeling Software for the Interpretation of Cryo-Electron Microscopy Data.
Methods Mol Biol 2017 ; 1624:193-210 .
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J Assist Reprod Genet May 2017 ; 34:683-694 .
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Altered enhancer transcription underlies Huntington's disease striatal transcriptional signature.
Sci Rep 22 février 2017 ; 7:42875 .
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Dynamics of Methylated Cytosine Flipping by UHRF1.
J Am Chem Soc 15 février 2017 ; 139:2520-2528 .
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Recrutement
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Alumni
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Vidéos
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Sujets de thèse