IGBMC : Institut de la Génétique et de la Biologie Moléculaire et Cellulaire

• Chercheurs

  Robert DRILLIEN

  Valérie LAMOUR

  Marc RUFF

• Post-Doctorants

  Eduardo BRUCH

  Benoît MAILLOT

• Doctorants

  Christophe LOTZ

  Arnaud VANDEN BROECK

• Ingénieurs & Techniciens

  Julien BATISSE

  Sylvia EILER

• Collaborateur Occasionnel

  Nicolas LEVY

Biologie structurale intégrative

Stabilité de la chromatine et mobilité de l'ADN

Complexes Macromoléculaires Cellulaires des Intégrases Rétrovirales et des ADN Topoisomérases

Notre groupe de recherche se concentre sur les mécanismes moléculaires qui régissent le transport des acides nucléiques, le traitement et les changements topologiques de l'ADN de la chromatine. Nos cibles actuelles sont des complexes nucléoprotéiques impliqués dans l'intégration de l'ADN rétroviral et des ADN topoisomérases eucaryotes. Nous intégrons des données structurales de haute (cristallographie aux rayons X), moyenne (CryoEM) et basse résolution (imagerie cellulaire) avec des données fonctionnelles in vitro et in cellulo.
L'objectif principal de Marc Ruff est de comprendre les processus moléculaires effectués par les complexes de pré-intégration (CPI) du VIH. Son but est de fournir une vue en quatre dimensions des CPI, depuis la transcription inverse jusqu'à l'intégration du virus. Un deuxième volet du projet se concentre sur le développement thérapeutique en cherchant à optimiser l'interaction protéine-protéine et les inhibiteurs de conformation.
Le projet de Valérie Lamour repose sur les études fonctionnelles et structurales des complexes cellulaires ADN topoisomérases ciblés par des composés thérapeutiques utilisés dans les traitements anti-cancéreux et anti-bactériens. L'objectif principal de ces recherches est d'identifier et d'étudier la relation structure/fonction des complexes associés aux topoisomérases et ciblés par des médicaments grâce à une combinaison d'approches protéomiques et structurales.

• Projets en cours

  • Maturation du complexe de pré-intégration du HIV dans le cytoplasme
  • Transfert nucléaire du complexe de pré-intégration du HIV                                                                                                                            
  • Complexe de pré-intégration du HIV ciblant la chromatine et interactions avec les nucléosomes
  • Mécanismes moléculaires de l’intégration du HIV dans le génome
  • Complexes de l’ADN gyrase bactérienne  
  • Identification et études structurales des complexes ADN topoisomérases humains de type 2

• Collaborations

  • Sarah Cianferani (Bio-organic Mass Spectrometry Laboratory, UDS, Cronembourg)
  • Stéphane Emiliani (Infection Diseases Department, Cochin Institute, Paris)
  • Yves Mely (Laboratory of Biophotonics and Pharmacology, UDS, Illkirch)
  • François Moreau and Richard Benarous (Mutabilis company)
  • Vincent Parissi (Fundamental Microbiology and Pathogenicity, University of Bordeaux 2)
  • Pr. Yves Pommier  (NIH Bethesda, USA)
  • Noëlle Potier (Laboratoire de spectrométrie de masse, Institut de Chimie de Strasbourg)
  • Alain Wagner (Laboratoire des systèmes chemo-fonctionnels, Faculté de Pharmacie de Strasbourg ) 

• Prix/Distinctions

• Actualites

  • 29 mars 2016 - La production de protéines instables à travers la formation de complexes stables

• Publications

  • A no-stop mutation in MAGEB4 is a possible cause of rare X-linked azoospermia and oligozoospermia in a consanguineous Turkish family.

    Okutman O(1,)(2,)(3), Muller J(4,)(5), Skory V(1), Garnier JM(6), Gaucherot A(7), Baert Y(8), Lamour V(9), Serdarogullari M(10), Gultomruk M(10), Ropke A(11), Kliesch S(12), Herbepin V(13), Aknin I(14), Benkhalifa M(15), Teletin M(1), Bakircioglu E(16), Goossens E(8), Charlet-Berguerand N(7), Bahceci M(10), Tuttelmann F(11), Viville S(17,)(18,)(19,)(20).

    J Assist Reprod Genet 11 avril 2017 .

  • Altered enhancer transcription underlies Huntington's disease striatal transcriptional signature.

    Le Gras S(1), Keime C(1), Anthony A(2,)(3), Lotz C(2,)(3), De Longprez L(4,)(5), Brouillet E(4,)(5), Cassel JC(2,)(3), Boutillier AL(2,)(3), Merienne K(2,)(3).

    Sci Rep 22 février 2017 ; 7:42875 .

  • Dynamics of Methylated Cytosine Flipping by UHRF1.

    Kilin V(1), Gavvala K(1), Barthes NP(2), Michel BY(2), Shin D(3), Boudier C(1), Mauffret O(4), Yashchuk V(5), Mousli M(1), Ruff M(6), Granger F(6), Eiler S(6), Bronner C(6), Tor Y(7), Burger A(2), Mely Y(1).

    J Am Chem Soc 15 février 2017 ; 139:2520-2528 .

  • DNA minicircles clarify the specific role of DNA structure on retroviral integration.

    Pasi M(1), Mornico D(2), Volant S(2), Juchet A(3), Batisse J(4), Bouchier C(5), Parissi V(6), Ruff M(4), Lavery R(1), Lavigne M(7).

    Nucleic Acids Res 19 septembre 2016 ; 44:7830-47 .

  • Production of unstable proteins through the formation of stable core complexes.

    Levy N(1), Eiler S(1), Pradeau-Aubreton K(1), Maillot B(1), Stricher F(1), Ruff M(1).

    Nat Commun 17 mars 2016 ; 7:10932 .

  • Intasome architecture and chromatin density modulate retroviral integration into nucleosome.

    Benleulmi MS, Matysiak J, Henriquez DR, Vaillant C, Lesbats P, Calmels C, Naughtin M, Leon O, Skalka AM, Ruff M, Lavigne M, Andreola ML, Parissi V.

    Retrovirology 7 février 2015 ; 12:13 .

  • Site-Selective Monitoring of the Interaction of the SRA Domain of UHRF1 with Target DNA Sequences Labeled with 2-Aminopurine.

    Greiner VJ(1), Kovalenko L(1,)(2), Humbert N(1), Richert L(1), Birck C(3), Ruff M(3), Zaporozhets OA(2), Dhe-Paganon S(4), Bronner C(1,)(3), Mély Y(1).

    Biochemistry 6 octobre 2015 ; 54:6012-20 .

  • DNA Physical Properties and Nucleosome Positions Are Major Determinants of HIV-1 Integrase Selectivity.

    Naughtin M(1), Haftek-Terreau Z(1), Xavier J(1), Meyer S(2), Silvain M(3), Jaszczyszyn Y(3), Levy N(4), Miele V(5), Benleulmi MS(6), Ruff M(4), Parissi V(6), Vaillant C(7), Lavigne M(8).

    PLoS One 15 juin 2015 ; 10:e0129427 .

  • Chemical cross-linking and mass spectrometry to determine the subunit interaction network in a recombinant human SAGA HAT subcomplex.

    Nguyen-Huynh NT(1), Sharov G(2), Potel C(1), Fichter P(2), Trowitzsch S(3), Berger I(3), Lamour V(2), Schultz P(2), Potier N(1), Leize-Wagner E(1).

    Protein Sci Aug 2015 ; 24:1232-46 .

  • Live cell immunogold labelling of RNA polymerase II.

    Orlov I(1), Schertel A(2), Zuber G(3), Klaholz B(1), Drillien R(1), Weiss E(4), Schultz P(1), Spehner D(1).

    Sci Rep 9 février 2015 ; 5:8324 .

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  • Études Fonctionnelles Et Structurales Des Complexes De Pré-Intégration Rétroviraux : Import Nucléaire (H/F)

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