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Actualités scientifiques

Une nomenclature des variants d'histones unique et basée sur la phylogénie

A unified phylogeny-based nomenclature for histone variants.

Talbert PB, Ahmad K, Almouzni G, Ausió J, Berger F, Bhalla PL, Bonner WM, Cande WZ, Chadwick BP, Chan SW, Cross GA, Cui L, Dimitrov SI, Doenecke D, Eirin-López JM, Gorovsky MA, Hake SB, Hamkalo BA, Holec S, Jacobsen SE, Kamieniarz K, Khochbin S, Ladurner AG, Landsman D, Latham JA, Loppin B, Malik HS, Marzluff WF, Pehrson JR, Postberg J, Schneider R, Singh MB, Smith MM, Thompson E, Torres-Padilla ME, Tremethick DJ, Turner BM, Waterborg JH, Wollmann H, Yelagandula R, Zhu B, Henikoff S.

Epigenetics Chromatin 31 mai 2012


31 mai 2012

Alors que le séquençage du génome s’est banalisé et que le nombre des variants d’histone connus ne fait que croître, l’absence de convention pour nommer ces derniers a entraîné beaucoup de confusion dans le domaine. Cela a notamment mené à des affiliations incorrectes, en raison de grandes similitudes sur les noms. Face à ce constat, les participants au workshop de l’EMBO sur les variants d’histones qui s’est tenu l’an dernier à l’IGBMC ont développé des règles de dénomination, cohérentes mais flexibles, qui sont à la fois informatives et utilisables dans une base de données. Le rapport complet publié dans le journal en accès libre Epigenetics & Chromatin propose une nouvelle nomenclature des variants d’histone, unique et basée sur leurs relations de parenté (phylogénie).

 

Le projet conduit par Paul Talbert et Steven Henikoff du Howard Hughes Medical Institute (Seattle) est le résultat de la mise en commun des efforts de chercheurs de 35 institutions différentes dans le monde entier, parmi lesquels les chercheurs français du CNRS et de l'Inserm Geneviève Almouzni, Stefan I Dimitrov, Saadi Khochbin, Benjamin Loppin et Maria-Elena Torres-Padilla, cette dernière de l'IGBMC. Le projet a été entrepris pour répondre à un besoin urgent d’homogénéiser les procédés pour nommer les variants d’histone.


Les histones sont des protéines qui « emballent » l’ADN au sein de structures appelées nucléosomes que l’on trouve dans les noyaux eucaryotes. On les trouve dans des familles multigènes et ils peuvent coder pour des isoformes (plus communément appelés variants d’histones) avec des fonctions différentes. Bien que l’existence des variants d’histone est connue depuis les prémices de la recherche sur les histones, la diversité de leurs rôles et fonctions fait toujours l’objet de nombreuses recherches.


En s'appuyant sur les usages actuels, Talbert et al. propose une nomenclature qui utilise un système cohérent de ponctuation qui reflète les relations phylogénétiques entre les différents sous-types de variants, rendant plus explicites les liens de parenté et d’évolution auparavant peu visibles. Ils recommandent également d’utiliser une numérotation spécifique pour chaque organisme. Ce système puissant et efficace, basé sur le fait que des structures et fonctions communes sont le reflet d’une évolution partagée, devrait pouvoir satisfaire dans le futur l’augmentation des découvertes issues des nouveaux projets de séquençage du génome.

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