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Etude Fonctionnelle De Deux Gènes Impliqués Dans Des Formes Sévères De Déficience Intellectuelle Avec Microcéphalie (Pqbp1 Et Dyrk1a) Et Application À L'Évaluation De La Pathogénicité De Variants Faux

Reference : PhD Student

Publication de l'offre : 23 mars 2017

Directeur de Thèse : PITON AMELIE

 

La déficience intellectuelle (DI) et les troubles du spectre autistique (TSA) sont deux troubles neurodéveloppementaux avec une contribution génétique importante, caractérisée par une hétérogénéité génétique extrême. Plusieurs centaines de gènes ont été associés à des formes monogéniques de DI ou de
TSA. L'utilisation des nouvelles technologies de a permis d'accroître considérablement l'identification des mutations pathogènes séquençage au cours des cinq dernières années chez les patients atteints par ces maladies.

 

Cependant, si l'identification des variations génétiques chez les patients devient de moins en moins difficile, la discrimination entre les variants pathogènes et les variants non pathogènes demeure un problème important. L'interprétation des variations faux-sens en particulier, même dans un gène bien établi comme
impliqué dans la DI ou les TSA, demeure difficile.

 

Le projet de thèse vise à mieux comprendre les bases pathophysiologiques de deux formes syndromiques de déficience intellectuelle associées à une microcéphalie et
causées par des mutations dans les gènes PQBP1 et DYRK1A, via l'identification de gènes dont l'expression et/ou l’épissage est affectée par une perte de fonction de ces gènes. Il visera également à tester la pathogénicité de différents variants faux-sens de signification inconnue identifiés dans ces gènes. Les données ainsi générées permettront de développer un test fonctionnel qui servira à étudier les variants qui seront identifiés à l'avenir.

 

Le doctorat consistera à étudier les effets d'une perte de fonction dans PQBP1 ou DYRK1A sur l'expression des gènes et la régulation de l'épissage. Ces études transcriptomiques seront effectuées sur des cellules du patient (fibroblastes et lignées cellulaires lymphoblastoïdes) et sur des cellules précurseurs neuronales humaines (hNSCs) inactivée pour l'un des deux gènes (siRNA) ou éditées pour y introduire des variants spécifiques (CRISPR/CAS9). Les conséquences cellulaires
en relation avec la microcéphalie telles que l'effet sur la prolifération cellulaire et la survie seront également analysées. De plus, en collaboration avec une autre équipe de l’institut, ces gènes seront inactivés dans le poisson zèbre afin d'effectuer des études neuroanatomiques comme décrit dans Golzio et al.,
Nature 2012 et corréler le phénotype obtenu dans le poisson zèbre avec celui des patients comme décrit dans Bernier et al., Cell, 2014. Des expériences de sauvetage seront effectuées avec l’ARNm humain, wild-type ou porteur de variants faux-sens pour valider la pathogénicité de ces variants.

 

Compétences

 

Notions théoriques et pratiques de biologie moléculaire et cellulaire

 

Expertises

 

Cultures, transfection et sélection de précurseurs neuronaux humains (hNSCs) et d’autres neuroblastomes.

Analyse de résultats d’études transcriptomiques (RNAseq)

Extraction et études ADN, ARN, protéines (Séquençage sanger, RT-qPCR, Western Blot, IF)

Clonage, mutagénèse, transcription in vitro

Phénotypage de poisson-zèbre

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Date limite de candidature : 1 novembre 2017

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