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Recrutement

La Reparation De L'Adn Dans Les Retrelements Du Genome

Reference : Phd Evi SOUTOGLOU

Publication de l'offre : 6 avril 2016

Les cassures double brin de l'ADN (DSBs) sont parmi les plus rares mais correspondent aussi aux lésions les plus cytotoxiques qui affectent l'intégrité de notre génome. Leur réparation efficace est essentielle, car elles sont à l'origine de l'instabilité du génome, des translocations, de la transformation cellulaire et de beaucoup de cancer. Les cellules répondent aux DSBs en initiant la réponse aux dommages de l'ADN (DDR), une cascade de signalisation, ce qui conduit à l'activation des points de contrôle du cycle cellulaire et la réparation d'ADN par deux voies principales, la recombinaison homologue (HR) et la jonction d’extrémité non homologue (NHEJ). HR assure la réparation fidèle et se déroule dans les étapes réplicatives et post-réplicative du cycle cellulaire (S / G2), lorsque les chromatides soeurs sont présents.

En plus de ceux-ci, d'autres voies de réparation de l'ADN ont été décrites: la jonction alternative d’extrémité non homologue (Alternative non homologous End Joining, AEJ), la pause
induite par la réplication (BIR) et le recrutement des brins simples (SSA). Toutes ces voies sont très mutagènes et prédominent généralement lorsque les voies principales sont perturbées. Par conséquent, le contrôle de l'équilibre entre ces différentes voies de réparation de l'ADN est très important
pour supprimer les événements mutagènes et limiter leur potentiel oncogène.

Bien que des études récentes suggèrent que les modifications
d’histones post-traductionnelle influencent le choix de la voie de réparation d'ADN en fonction de la localisation de la lésion dans le génome, les mécanismes impliqués dans la réparation de DSB dans des environnements de chromatine répressive restent toujours inconnus. De plus, on ne sait pas comment les différents types de chromatine répressive (qui comprennent la chromatine facultative, la chromatine nulle, ainsi que différents types de hétérochromatine constitutive) régulent ce choix. 40% du génome des mammifères est composé de répétitions hétérochromatiques formées de retro-éléments qui se répartissent en deux grandes classes: longues et courtes entrecoupées éléments nucléaires (LINES et SINE; 27%) et les
rétrovirus endogènes (VRE; 10%). VRE sont réprimés transcriptionellement pendant les premiers jours de l'embryogenèse par co-repressor KAP1 qui induit l’hétérochromatinisation et l’addition de modifications répressives sur les histones.

Pour étudier la réparation de l'ADN dans les différents
domaines d'hétérochromatine, nous allons utiliser le système Cas 9/CRISP pour induire spécifiquement DSB dans les rétroéléments du génome. Nous avons conçu des ARNs de guide qui correspondent à des séquences de VRE (IAP1) et des séquences LINE1 connues et nous évaluerons le recrutement des facteurs de réparation d'ADN par ChIP et Immnuno FISH sur ces sites.

Par la suite, nous allons tester si l'induction d'une rupture de
l’ADN influence l'état de la chromatine du rétroélément comme son expression et sa capacité à «sauter» et de réintégrer le génome. À cette fin, des expériences de ChIP seront effectuées en utilisant des anticorps spécifiques pour les marqueurs de l'hétérochromatine et les modifications des histones. Les profils d'expression des rétroéléments seront vérifiés par qPCR et par des essais de «réintégration dans le génome» utilisant des
rapporteurs spécifiques. Ces résultats auront des répercussions énormes pour la compréhension de l'instabilité génomique causée par la réactivation de rétroéléments.

- COMPETENCES SOUHAITEES : Biologie moleculaire

- EXPERTISES QUI SERONT ACQUISES AU COURS DE LA FORMATION : CRIPR/Cas9, microscopie supperesolution, biochimie

Votre candidature

Date limite de candidature : 31 décembre 2016

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