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Décryptage D'Un Mécanisme De Couplage Traduction-Dégradation Des Arn Chez Les Eucaryotes

Reference : PhD Bertrand SERAPHIN

Publication de l'offre : 6 avril 2016

La régulation de l’expression des gènes est un processus essentiel, particulièrement complexe chez les organismes eucaryotes, qui permet aux cellules de s’adapter aux conditions changeantes et/ou de se différencier. Cette régulation est principalement permise par des changements de transcription ou de dégradation des ARN messagers qui vont permettre la synthèse en plus ou moins grande quantité des protéines
nécessaires à la cellule.

Notre travail sur la dégradation des ARN messagers nous a permis de caractériser plusieurs protéines impliquées dans une étape critique de ce processus. De manière inattendue, nos données expérimentales indiquent une interaction d’un de ces facteurs avec un complexe protéique associé à la machinerie traductionnelle. La validation de ce lien permettrait de comprendre comment une cellule peut coordonner l’efficacité de traduction d’un ARN messager avec la stabilité de ce dernier.
Nous proposons de poursuivre l’analyse de ce processus en utilisant la levure S. cerevisiae comme système modèle car celui-ci facilitera les études initiales aux niveaux génétiques et physiologiques.

Des études d’interaction de protéines basées sur plusieurs stratégies (protéines recombinantes, double-hybride…) seront utilisées pour définir et valider les contacts se produisant entre ces facteurs. Si possible, des informations structurales seront
obtenues avec nos collaborateurs. En parallèle, la validation du rôle biologique de ces interactions se fera grâce à des analyses in vitro (tests d’activités…) et in vivo (caractérisation de mutants, analyses de gènes rapporteurs…).

Ce projet devrait permettre de caractériser de manière
moléculaire et fonctionnelle un nouveau complexe protéique intervenant à l’interface de la traduction et de la dégradation des ARN messagers et de déterminer son rôle dans le fonctionnement cellulaire. En particulier, l’implication d’un tel processus dans un nouveau mécanisme de contrôle de
qualité éliminant les ARN messagers faiblement traduits sera explorée. Finalement, la conservation évolutive de ce processus chez l’homme, son impact sur la production de protéines humaines, et son implication dans certaines pathologies seront étudiés.

- COMPETENCES SOUHAITEES : Le candidat possèdera de bonnes connaissances des mécanismes généraux du vivant et de la biologie moléculaire, génétique, et biochimie. Des connaissances en informatique seraient un plus. Un goût pour le travail expérimental, une forte motivation et une capacité de travail en équipe dans un environnement pluridisciplinaire sont demandés. L’anglais est nécessaire pour la communication dans
l’équipe et lors des séminaires. Une ouverture d’esprit est requise pour s’intéresser aux approches complémentaires et aux dernières stratégies (e.g., analyses structurales, études à haut-débit…).

- EXPERTISES QUI SERONT ACQUISES AU COURS DE LA FORMATION : Le coeur de la formation sera l’acquisition des méthodes et des techniques nécessaires pour analyser de manière synthétique un processus biologique en utilisant des approches allant de la biochimie aux analyses
à grande échelle in vivo (transcriptomique, protéomique...). Un point important sera l’intégration d’approches complémentaires pour l’étude d’un système biologique. La formation inclura aussi une partie communication orale et écrite (séminaire régulier de l’équipe, rédaction d’article,…), l’organisation du travail individuel et en équipe ainsi que l’utilisation de nouveaux équipements.

Votre candidature

Date limite de candidature : 31 décembre 2016

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