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Dissecting The Functional Specificities Of Ikaros Family Transcription Factors During B Cell Differentiation

Reference : PhD Susan CHAN

Publication de l'offre : 5 avril 2016

La différenciation des lymphocytes B se déroule en plusieurs étapes dans la moelle osseuse. Les cellules pro-B sont sujettes au réarrangement de la chaîne lourde des immunoglobulines, qui conduit à l'expression du récepteur des cellules pré-B dans les cellules "large pre-B". Une signalisation transitoire par ce récepteur induit la différenciation en cellules pré-B, où le réarrangement de la chaîne légère se produit, pour conduire à l'expression du récepteur des cellules B dans les cellules B immatures. Ces différentes étapes sont orchestrées par des facteurs de transcription qui contrôlent l'expression dynamique de gènes. Ikaros est l'un de ces facteurs, pour lequel nous avons montré un rôle essentiel dans la transition entre le stade "large pre-B" et le stade pré-B (Heizmann et al., J Exp Med, 2013). De façon intéressante, le facteur homologue à Ikaros, Aiolos, est exprimé dans les cellules "large pre-B" déficientes pour Ikaros, mais cette expression n'est pas capable de promouvoir leur différenciation. Cette observation suggère donc qu'Ikaros et Aiolos excercent des fonctions distinctes dans ces cellules. L'objectif de ce projet est de disséquer les spécificités fonctionnelles d'Ikaros et d'Aiolos dans les cellules pré-B, et d'identifier ce qui détermine cette spécificité.

Spécifiquement, l'étudiant sera chargé de:
1. Etablir de nouveaux outils cellulaires. Nous avons préalablement décrit des lignées cellulaires primaires de cellules "large pre-B" nulles pour Ikaros. Ces lignées seront modifiées de façon à inactiver Aiolos (Crispr/cas9), puis transduites avec des vecteurs rétroviraux permettant l'expression inductible (tétracycline) d'Ikaros ou d'Aiolos.
2. Comparer les effets de l'expression d'Ikaros et d'Aiolos. Les effets de l'induction de l'expression d'Ikaros et d'Aiolos seront étudiés dans les lignées générées en (1), en utilisant plusieurs readouts: prolifération, différenciation (réarrangement de la chaîne légère Igk, baisse d'expression du pré-BCR), ou expression globale des gènes (RNA-seq). Ces expériences devraient révéler les fonctions spécifiques et redondantes d'Ikaros et d'Aiolos.
3. Disséquer les domaines moléculaires responsables de la spécificité. L'étudiant(e) générera des constructions permettant la production de protéines chimériques entre Ikaros et Aiolos, avec une focalisation particulière sur le domaine de liaison à l'ADN. Les fonctions de ces protéines seront testées dans les systèmes décrits plus haut. Si les résultats montrent que les domaines de liaison à l'ADN sont responsables de la spécificité, une dissection plus fine pour tester le rôle de doigts de zinc ou d'acides aminés spécifiques sera entreprise. Ces expériences seront accompagnées par une cartographie des sites de liaison des protéines WT et chimériques par ChIP-seq. Ces expériences devraient identifier à la fois les domaines et résidus qui contribuent à l'activation de gènes cibles spécifiques, de même que l'architecture des séquences d'ADN cible pour chaque facteur.


- COMPETENCES SOUHAITEES : Connaissances solides en biologie moléculaire et immunologie


- EXPERTISES QUI SERONT ACQUISES AU COURS DE LA FORMATION : Analyses génomiques, cytométrie, modèles cellulaires

Votre candidature

Date limite de candidature : 31 décembre 2016

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